Kasus penembakan terhadap guru dan mahasiswa memang kerap terjadi. Dalam konflik bersenjata 1998‑2003, sekitar 40 guru dan sembilan siswa tewas tertembak. Pendidikan di Aceh semakin buram ketika terjadi penembakan atas Rektor Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Ar‑Raniry Prof. Dr. Safwan Idris, M.A., pada September 2000, dan Rektor Universitas Syiah Kuala (Unsyiah) Prof. Dr. Dayan Dawood, setahun berikutnya. 

Konflik bersenjata juga mengakibatkan dampak traumatis yang mendalam. Banyak pelajar kehilangan cita‑cita akibat dirampas untuk menjadi tentara anak. Ironisnya sebelum tsunami, murid di Aceh bahkan telah akrab dengan sekolah darurat alias sekolah tenda dari bahan terpal sebagai pengganti ruang kelas yang dibakar.

Data Dinas Pendidikan Provinsi Nanggroe Aceh Darussalam (NAD) mencatat, dari 5.745 bangunan sekolah yang ada, sekitar 1.410 di antaranya dibakar sejak 1998 hingga 2003. Kondisi tersebut bertolak belakang dengan kejayaan pendidikan Aceh sebelum masa konflik bersenjata. Berabad‑abad sebelum masa penjajahan dan kemerdekaan Republik Indonesia, pendidikan di Aceh sudah sangat maju. Melalui sistem pendidikan berbasisa agama Islam, lembaga‑lembaga pendidikan seperti dayah mampu melahirkan cendekiawan yang disegani di Asia Tenggara.